الكشف الجزيئي لجينات الخطورة المتحسسة لعدوى الخمائر لمرضى كوفيد-19 في محافظة بابل

الباحث

زهراء علي عبدالأمير

المشرف

كوثر محمد علي حسن

الجامعة

جامعة بابل

الكلية / القسم

كلية العلوم للبنات / علوم الحياة

الشهادة

ماجستير

السنة

2022

لغة الرسالة

انكليزي

الكلمات المفتاحية

Candida ; Risk Genes ; COVID-19 ; Molecular Detection

أجريت هذه الدراسة في AMS علوم للبنات بجامعة بابل. تم جمع 146 عينة من مسحة الفم وكانت 56 عينة من مرضى مصابين بعدوى Covid-19 ، و 50 عينة من الأشخاص الذين تعافوا و 40 عينة من الأشخاص الأصحاء عن طريق المسحات ذات الوسط الناقل. وتم سحب 3 مل من الدم بواقع 60 عينة دم منها 20 مريضا و 20 شخصا تماثلوا للشفاء و 20 من الاصحاء. تم حقن الدم مباشرة في أنبوب EDTA تم استخدام صندوق بارد لغرض نقل العينات من المستشفى إلى المختبر وحفظها تحت درجة -20 درجة مئوية في حالة التجميد العميق لاستخدامها في الدراسة الجزيئية. تم جمع العينات على مدى 4 أشهر من نوفمبر 2021 إلى فبراير 2022. جمعت جميع العينات السريرية من المرضى الذين يرقدون في قسم العناية المركزة من مستشفى مرجان (مدينة المرجان الطبية) في محافظة بابل. تم أخذ عينات من المرضى تحت إشراف الطبيب المختص. بعد تشخيص إصابة المرضى بفيروس كوفيد -19 ، تم أخذ كل العينات لكلا الجنسين وفئات عمرية مختلفة تراوحت بين 89_22 سنة. هدفت هذه الدراسة إلى عزل الفطريات المسببة للأمراض من خلال مسحات الفم للمرضى والأفراد الاصحاء والمتشافين ، تقييم عوامل الخطر ، تحديد GY jal) الفطرية بالطرق التقليدية. اختبار عوامل الضراوة وفعالية المضادات الفطرية للعزلات الفطرية. استخراج الحمض النووي لعينات الدم لكل مريض والكشف الجزيئي لبعض عوامل الخطر الجينية Sis جينات CLECTA) و oi (TLRS زرع جميع العينات السريرية على SDA و PDA والخميرة التي تم تحديدها بواسطة CHROM Agar والكشف عن عوامل الضراوة لخميرة Candida spp. مثل إفراز الفوسفوليباز والليباز وتكوين الأغشية الحيوية وانحلال الدم. أظهرت النتائج أن نسبة الإصابة عند الذكور أعلى منها عند الإناث حيث بلغت عند الذكور )55.4%( من المرضى بينما كانت الإناث (44.696) على التوالي، بالمقابل كانت نسبة المتشافين عند الاناث )64.0%( اعلى مما عند الذكور )36.0%( وقد كشفت هذه الدراسة أن السن الأكثر تضرراً بين الجنسين تتراوح أعمارهم (74-65 سنة). وبلغت نسبة إجمالي العينات الإيجابية من الفئات الثلاث )56.84%( 83. حيث كانت النسبة المئوية للمرضى )29.45%( بينما أظهرت الزرع الإيجابية في المتشافين ومجموعة السيطرة 13.7% لكل منهما. تم عزل وتشخيص ستة أنواع من الخميرة من عينات المرضى كانت أعلى نسبة لخميرة C. albicans حيث بلغت )44.6%( والمرتبة الثانية لخميرة 7070725110515 C. بنسبة مئوية بلغت (17.990)، اما كل من الخمائر C. glabrata ، C.dubliniensis و C. krusei بمعدل النسبة المئوية (7.190) و tropicalis .0) بلغت (5.490). في المتشافين بلغت نسبة خميرة C. albicans )20.0%( تلتها بالمرتبة الثانية C.kruzei بنسبة )6.0%( بينما في مجموعة السيطرة بلغت نسبة خميرة C. albicans )15.0%( تلتها بالمرتبة الثانية C. parapsilosis بنسبة )7.5%( لتقييم عوامل الضراوة لأنواع الخمائر قيد الدراسة ، أظهرت النتائج أن معظم الخمائر تمتلك عوامل ضراوة عالية. أكثر مضادات الفطريات فاعلية هي فلوكونازول ، كلوتريمازول ونيستاتين Ugly أعلى نسبة حساسية ضد المبيضات بنسبة 72.3946 و 67.796 و 61.596 على التوالي ، وبلغت نسبة الأمفوتريسين-ب 58.4% تم إجراء تعدد الأشكال لجين 77.8 على 60 عينة من الحمض النووي للدم )20 مريضًا و 20 شخصا يتعافى و 20 شخصا سليمًا) بواسطة بادئ رباعي. عند المقارنة بين المرضى والمجموعة السيطرة ¢ كان تردد الأنماط الجينية AA و AG و GG لتعدد الأشكال الجيني TLRS A/G 153764880)) هو على التوالي 40“ و 135 و 125 في المرضى ، بينما على call sill 0 و 20 و 740 في مجموعة السيطرة. بلغ تردد أليلات للجين TLRS تعدد الأشكال الجيني للأليل A 757.5 في المرضى و 60.0/ في المجموعة السيطرة ، بينما تردد الاليل 6 بلغ 42.5/ في المرضى و 740.0 في المجموعة االسيطرة. بينما أظهرت نتائج التردد للاشخاص المتعافين لتعدد الأشكال الجينية AA و AG و 66 ل 6 / ل )183764880( 7778 هو على التوالي 5 و 760 و 715 وتردد أليلات للأليل A و .G هي 755.0 و 745.0 على التوالي. تم إجراء تعدد الأشكال لجين .01.0074 على 60 عينة من دم الإنسان بواسطة تتابع نتائج PCR للتحقق من تعدد الأشكال في هذا الجين ، لوحظ نمطين وراثيين ، ظهرت SNPs C/T 13901532 في الموقع 152 وظهرت A/C 83901533 في الموقع 64. تردد الأنماط الجينية CC و CT و TT لجين CLEC7A (183901532) C/T على التوالي 120 ، 45/ و 5 في المرضى ٠ بينما على التوالي 20“ ، 155 و 125 في المجموعة السيطرة. وبلغ تردد أليلات للجين C/T )133901532( 0758074© بلغ للأليل © نسبة 742.5 في المرضى و 5 في المجموعة السيطرة ، بينما تردد الاليل T بلغ في المرضى و 252.5 في المجموعة السيطرة. في حين أن تردد الأنماط الجينية AA و AC و CC لتعدد الأشكال الجيني CLEC7A A/C )183901533( هي على التوالي 220 و 750 و 230 في المرضى ، بينما على التوالي A/C للأليل A 145 في المرضى و 755 في المجموعة السيطرة ، Ley تردد الاليل © هو 5 في المرضى و 745 في المجموعة السيطرة.

This study is conducted at the college of sciences for women's at Babylon University. A 146 oral swabs samples were collected 56 samples from patients with Covid-19 infection, 50 samples from recovery persons and 40 samples from healthy people, the swabs with transport media used in this study. And 3ml of blood were collected from 60 humans samples ( 20 patients, 20 recovery persons and 20 healthy people). Blood injected directly in EDTA tube. Cold box was used to transfer samples for the purpose of transferring them from hospital to laboratory and saved -20C ̊ in deep freeze for using in molecular study. Samples were collected over a period of 4 months from Nov.-2021 to Feb-2022. All Clinical samples were collected from patients whom lying in Intensive care department from Marjan Hosptial (Marjan medical city) in Babylon province. Samples were taken from the patients under the supervision of the specialist physician. After diagnosis of Covid-19 infection of the patient, all samples were taken for both sexes and different age groups ranged between 22_89 years old . This study aimed to isolation pathogenic fungi from oral cavity swabs for patients and health individual, Evaluate the risk factors, Identification of fungal isolates by conventional methods. All sample clinical were culture on SDA and PDA and yeast identified by CHROMagar and detection virulence factor for Candida spp. such secretion of the Urease, lipase, phospholipase biofilm formation, and hemolysis . Testing the virulence factors and antifungal activity of fungal isolates. DNA extraction for blood samples for each patients and molecular detection of some genetic risk factors such as (TLR8 and CLEC7A) genes. Our results showed that the rate of infection in males higher than in females which reached in males (55.4%) of patients group while were the females (44.6%) respectively, on the other hand rate of recovering in female (64.0%) higher than in male (36.0%). As this study revealed that the most affected age groups between the gender ranges (65-74 years). The proportion of the total positive samples of three categories is 83 (56.84%). Where the percentage of Patients was (29.45%), while positive culture in recovering and control showed 13.7% in both. Six species of yeast were isolated and diagnosed from patient samples were highest percentage the C.albicans (44.6%), C. parapsilosis (17.9%) while all of C. dubliniensis, C. glabrata, and C. krusei percentage rate (7.1%) and C. tropicalis is (5.4%). In recovering, the rate of C.albicans (20.0%) followed by C. krusei (6.0%), while in control group, the rate of C.albicans (15.0%) followed by C. parapsilosis (7.5%). For evaluation of virulence factors of yeasts species under study, the results showed that most of the yeasts possessed high virulence factors. The most effective antifungals were Fluconazole, Clotrimazole and Nystatin has the highest percentage of susceptibility against Candida spp. with 72.3%, 67.7% and 61.5% respectively and Amphotericin-B was 58.4%. The polymorphism of TLR8 gene was done for 60 samples of blood DNA (20 patients, 20 recovery persons and 20 healthy people) by Tetra- Arm primer. When compared between patients and control, the frequency of genotypes AA, AG and GG of TLR8 (rs3764880 A/G) gene polymorphism are respectively 40%, 35% and 25% in patients, while respectively 60%, 0% and 40% in control group. The frequency of alleles of TLR8 gene polymorphism of A allele is 57.5% in patients and 60.0% in control group, while frequency of G allele is 42.5% in patients and 40.0% in control group. While, the results of recovery showed the frequency of genotypes AA, AG and GG of TLR8 (rs3764880 A/G) gene polymorphism are respectively 25%, 60% and 15% and the frequency of alleles of TLR8 gene polymorphism of A and G allele are 55.0% and 45.0% respectively. The polymorphism of CLEC7A gene was done for 60 samples of human blood by sequence of PCR results. For checking the polymorphism in this gene two genotypes have been observed, SNPs rs3901532 C/T appeared on position 152 and rs3901533 A/C appeared on position 64. The frequency of genotypes CC, CT and TT of CLEC7A (rs3901532 C/T) gene polymorphism are respectively 20%, 45% and 35% in patients, while respectively 20%, 55% and 25% in control group. The frequency of alleles of CLEC7A (rs3901532 C/T) gene polymorphism of C allele is 42.5% in patients and 47.5% in control group, while frequency of T allele is 57.5% in patients and 52.5% in control group. While the frequency of genotypes AA, AC and CC of CLEC7A (rs3901533 A/C) gene polymorphism are respectively 20%, 50% and 30% in patients, while respectively 25%, 60% and 15% in control group. The frequency of alleles of CLEC7A (rs3901533 A/C) gene polymorphism of A allele is 45% in patients and 55% in control group, while frequency of C allele is 57.5% in patients and 45% in control group.

طلب نسخة من الملف

الملفات غير منشورة على الموقع. اترك بياناتك وسيتواصل معك موظفو قسم الشؤون الثقافية والفنون لإرسال النسخة مجاناً.

الاسم

رقم الهاتف

البريد الإلكتروني

الغرض من الطلب (اختياري)

إرسال الطلب