التوصيف الجزيئي لجراثيم الإيشيريكيا القولونية المسببة للإسهال المعزولة من اللحوم ومنتجاتها في مدينة الموصل

الباحث

يسرى عبد الرزاق عبدالله الرفاعي

المشرف

رعد عبد الغني السنجري

الجامعة

جامعة الموصل

الكلية / القسم

كلية التربية للعلوم الصرفة / قسم علوم الحياة

الشهادة

دكتوراه

السنة

2022

لغة الرسالة

عربي

الكلمات المفتاحية

الإيشيريكيا القولونية ; الإسهال ; اللحوم ; التوصيف الجزيئي

تعد الاشريكيا القولونية المسببة للإسهال Diarrheagenic Escherichia coli (DEC) مصدر قلق كبير للصحة العامة في جميع أنحاء العالم مسببة الإسهال عن طريق السلسلة الغذائية ، هدفت الدراسة إلى تحديد مستوى التلوث ومعدل الانتشار الدقيق ل DEC في اللحم ومنتجاته التي يستهلكها الإنسان باستخدام تقنية تفاعل البلمرة المتسلسل polymerase chain reaction (PCR) . تم جمع )782( عينة من اللحوم ومنتجاتها وتشخيصها بالطرق التقليدية وبعدها تم تأكيد تشخيصها بالكشف الجزيئي عن الجين التشخيصي 448:,: الذي يشفر انزيم B-glucourondase بتقانة تفاعل سلسلة البلمرة (PCR) إذ تم الكشف عن 376 )%48.08( عزلة تعود للاشريكيا القولونية،ء Gus كانت 234 )%45.70( عزلة موجبة تعود للحوم الطازجة اخذت من جهات مختلفة (شرق، ،Sled ،ye جنوب) من مدينة الموصل وضمت (لحوم ،Lal أغنام، جاموسء. ماعز) ومن aay) مناطق مختلفة من الذبيحة (الكتفء العنقء الفخذء والخاصرة) وكذلك 91 )%53.53( عزلة تعود لمنتجات اللحوم (لحوم مفرومة، بركر بقري، باسطرمة) في حين 51 )%51( عزلة موجبة تابعة للحوم الدجاج بنوعيه المحلي والمستورد للمدة من 2/3/ 2020 ولغاية 5/ 11/ 2020. استخدمت تقنية تفاعل البلمرة المتسلسل المتعددة Multiplex PCR وذلك للكشف عن lis عوامل الضراوة Virulence factor لعزلات الاشريكيا القولونية (DEC) وذلك عن طريق تضخيم )10( بادئات Primer وهي ) stxl, 5122, eae, bfpA, aggR, elt, esth, .(estp, invE, daaC تم تشخيص )95( نوعاً مرضياً وأظهرت النتائج أن النمط المرضي الأكثر شيوعاً هو LS p84! القولونية السامة للأمعاء Gus Enterotoxigenic E. coli (ETEC) كانت بمعدل 4 )%46.32( يليها LS) BY! القولونية المنتجة للسموم الشبيهة بسموم الشيكا Shiga - Toxin Producing E.coli (STEC) بمعدل19 )%20.05( ، LS AY! القولونية النزفية للأمعاء Enterohemorhagic E.coli (EHEC) بمعدل %14.74)14( يليها كل من الاشريكيا المعوية التكتلية Enteroaggregative E. coli (EAEC) والاشربكيا القولونية المرضية للأمعاء غير النموذجية atypical enteropathogenic E.coli (AEPEC) كانت بمعدل 6 )%6.32( لكل منهماء ثم الاشريكيا القولونية الغازية للأمعاء (TEC) Enteroinavasve E.coli بمعدل %5.25)5( وأقل نسبة كانت للنمط المرضي للايشريكيا القولونية الملتصقة بالانتشار Diffusely adherent E.coli (DAEC) نسبة 2،),1.05(1 | حيث لوحظ أعلى عدد من DEC في اللحوم المفرومة بنوعيه (محلات القصابة ومطاعم) وكانت نسبتها )%46.7( و )%40( على التوالي حيث أظهرا فرقاً معنوياً بمستوى 0.05 مع جميع أنواع اللحوم ومنتجاته الأخرى بينما لوحظ أقل نسبة الدجاج المستورد والباسطرمة )%06( لكل منها Led بالنسبة للبركر بنوعيه وكذلك لحم الأبقار لم يكن هناك فرقاً معنوياً بينهم؛ بينما يوجد فرق معنوباً بينهم وبين بقية أنواع العينات المشمولة بالدراسة في حين لم يظهر أي فروقات معنوية بين الأنواع الأخرى مثل لحم الأغنام والجاموس والماعزء وكذلك منتج الباسطرمة والدجاج بنوعيه المحلي والمستورد. أظهرت نتائج اختبار فحص الحساسية بطريقة الاقراص ل 50 عزلة من adie الاشريكيا القولونية كانت متعددة المقاومة للمضادات الحيوية Multidrug Resistance (MDR) فكانت النسبة %92)46( عزلة مقاومة للمضاد الحيوي Tetracyclin يليه %88)44( مقاومة للمضاد Amoxicillin/ Clavulanic acid ثم يليهم المضادين الحيودين Streptomycin Azithromycin 5 بنسبة 27 )%54( لكل واحد منهماء وتراوحت بقية العزلات بمقاومتها للمضادات الحيوية بنسب مختلفة Amoxicillin %28)14( و Levofloxacin %10)5( و Chloramphenicol ،(%12)6 Ciprofloxacin %26)13( و Trimethoprim/ Sulfamethoxazole %22)11( في حين لم تظهر العزلات أي مقاومة ضد المضادات الحيوية المستخدمة في الدراسة مثل Tobramycin و Gentamycin و Imipenem فكانت المقاومة )%0( 0 لكل واحد منهما. في هذه الدراسة تم إجراء الكشف الجزيئي عن جينين مشفرين لعوامل الضراوة في هذه الجراثيم وباستخدام طرائق التحليل التتابعي للجينات DNA sequencing إذ تم التحري عن وجود جينات الضراوة 5622 و 56:21 المشفرة لإنتاج السموم الشبيهة بسموم الشيكا Stx] و516:22 على التوالي، حيث أظهرت نتائج التحليل التتابعي لهذين الجينين في العزلات تطابق بنسبة 9 مع تسلسل جينات الضراوة القياسية المثبتة في قاعدة البيانات Basic (BLAST) Local Alignment Search Tool والموجودة في الموقع الإلكتروني للمركز الوطني للمعلومات -National Center For Biotechnology Information (NCBI) Strain stx-1- YR22, Shiga toxin وقد تم تسجيل عزلتين جرثوميتين الأولى باسم Gen Bank accession حصل على الرقم المعرف بالتسجيل Gilly Genes (stx/) 1 تم تسجيل sally Shiga toxin2 فضلاً عن وجود الجين الثاني وهو number OM304351 حصل sills gene (stx2) Strain stx-2- YR22, Shiga toxin 2 aul: عزلته الجرثومية ولوحظ من ،Gen Bank accession number OM304352 على الرقم المعرف بالتسجيل شجرة النشوء الجيني الخاص بالعترة stx-1-YR22 وجود تقارب بين العترة المحلية وباقي العترات المسجلة في بنك الجينات والمعزولة من سبع بلدان حول العالم وبنسبة 9699: أما بالنسبة stx-2-RY22 Spell فقد لوحظ وجود تقارب بين هذه العترة المحلية والعترة المعزولة من اليابان والعترة المعزولة من النرويج والمسجلتين في بنك الجينات. تت

A The diarrheal genetic Escherichia coli (DEC) is a major public health concern worldwide which causes diarrhea through the food chain. The aim of this study is to determine the level of contamination and prevalence of DEC bacteria in meat and meat products by isolating and diagnosing of these bacteria based on phenotypic characteristics in chromogenic selective medium and biochemical tests as well as using bimolecular techniques such as multiplex polymerase chain reaction in addition to determining their resistance to antibiotics. A total of 782 samples of meat and their products were collection to isolate the E.coli and diagnosed by traditional methods, and then their diagnosis was confirmed by molecular technique to detect 376 (418.08%) isolate belonging to E. coli contain gene uidA using polymerase chain reaction technique , of them were 234 (45.70%) positive isolates related to fresh meat were taken from different regions (East, West, North, South) from the Mosul city and included (beef, sheep, buffalo, goat) and from four different areas of the carcass (neck , shoulder , flank and thigh), as well as 91 (53.53%) isolates belonging to meat products (minced meat, beef burger, pastrami), while 51 (51%) positive isolated from chicken meat (both local and imported) for the period from 3/2/2020 to 5/11/2020. Multiplex Polymerase chain reaction technique was used to detect the virulence factor genes of Escherichia coli isolates(DEC) by amplifying 10 primers (stx1, stx2, eae, bfpA, aggR, elt, esth, estp, invE, daaC). Ninety five pathotypes were diagnosed, where the results showed that the most common pathotype is Enterotoxigenic E. coli (ETEC) with a rate of 44 (46.32%), followed by Shiga-Toxin Producing E. coli (STEC) with a rate of 19 ( 20.05%), Enterohemorhagic E.coli (EHEC) with a rate of 14 (14.74%), followed by EAEC Enteroaggregative E. coli and B atypical enteropathogenic E.coli (aEPEC) with a rate of 6 (6.32%) for each, then Enteroinavasve E.coli ( EIEC ) at a rate of 5 (5.25%) and the lowest percentage was for the pathotype of diffusive E. coli (DAEC) with a ratio 1 (1.05%). Where the highest number of DEC was observed in minced meat of its two types (butcher shops and restaurants) and its percentage was (46.7%) and (40%), respectively. They showed a significant difference at the level of 0.05 with all types of meat and its other products, while the lowest percentage of imported chicken and pastterma was observed (6%) for each of them. As for the two types of burger, as well as beef, there was no significant difference between them, although , there is a significant difference between them and the remainder of the types of samples included in the study, while no significant differences observed between other types such as sheep, buffalo and goats, as well as the product of pastterma and chicken of both types (local and imported) . The results of the susceptibility assay test showed that 50 isolates of Escherichia coli were multidrug resistance (MDR) and the percentage was 46 (92%) resistant to Tetracyclin antibiotic, followed by 44 (88%) resistant to Amexicillin/ Clavulanic acid, followed by the two antibiotics Streptomycin and Azithromycin with a percentage of 27 (54%) for each of them, and the remainder of the isolates ranged in resistance to antibiotics at different rates: Amoxicllin 14 (28%), Levofloxacin 5 (10%), Ciprofloxacin (12%), Chloramphenicol (26%) and Trimethoprim/Sulfamethoxazole 11 (22%) while the other isolates did not show any resistance against the antibiotics used in this study such as Tobramycin, Gentamycin and Imipenem ,the resistance was 0 (0%) for each of them. In this study, the molecular detection of two genes encoding virulence factors of this bacteria was carried out using genetic sequence analysis methods. The virulence genes stx1 and stx2 encoded for production of shigolike toxins stx1 and stx2 respectively were investigated 99% match with the standard virulence gene sequences installed in the Basic Local Alignment Search Tool (BLAST) database located at the National Center for Biotechnology Information (NCBI) .Two bacterial isolates were recorded, the first with the name stx-1- YR22, Shiga toxin 1 (stx1) Genes, which obtained the Gen Bank accession number OM304351 in addition to the presence of the second gene, stx-2 - YR22, Shiga toxin 2 (stx2) gene, which obtained the Gen Bank accession number OM304352 as it was observed from the phylogenetic tree there is affinity between the local strain (stx-1-YR22) and the remainder of the strains recorded in the gene bank which isolated from seven countries around In the world by 99%, as for the stx-2-RY22 strain, a similarity was observed between the local strain isolated from Japan and the strain isolated from Norway which recorded in the gene bank. --- page 179 [OCR+] --- University of Mosul College of Education for Pure Science Molecular Characterization of Diarrheagenic Escherichia coli Isolated from Meat and Meat Products in Mosul City Yousrah Abdul-Razak Abdallah Al-Refaee Ph.D. Thesis Biology Supervised by Prof. Dr. Raad Abdulghany Basheer Al-Sanjary 2022 A.D 1443 A.H [OCR of page] University of Mosul a) College of Education SEES for Pure Science حا or woes Molecular Characterization of Diarrheagenic Escherichia coli Isolated from Meat and Meat Products in Mosul City Yousrah Abdul-Razak Abdallah Al-Refaee Ph.D. Thesis Biology Supervised by Prof. Dr. Raad Abdulghany Basheer Al-Sanjary 2022 A.D 1443 A.H --- page 180 [OCR+] --- Molecular Characterization of Diarrheagenic Escherichia coli Isolated from Meat and Meat Products in Mosul City A Thesis Submitted By Yousrah Abdul-Razak Abdallah Al-Refaee To The Council of the College of Education for Pure Science University of Mosul In Partial Fulfillment of the Requirements For the Degree of Ph.D. In Biology Supervised by Prof. Dr. Raad Abdulghany Basheer Al-Sanjary 2022 A.D 1443 A.H [OCR of page] Molecular Characterization of Diarrheagenic Escherichia coli Isolated from Meat and Meat Products in Mosul City A Thesis Submitted By Yousrah Abdul-Razak Abdallah Al-Refaee To The Council of the College of Education for Pure Science University of Mosul In Partial Fulfillment of the Requirements For the Degree of Ph.D. In Biology Supervised by Prof. Dr. Raad Abdulghany Basheer Al-Sanjary 2022 A.D 1443 A.H

طلب نسخة من الملف

الملفات غير منشورة على الموقع. اترك بياناتك وسيتواصل معك موظفو قسم الشؤون الثقافية والفنون لإرسال النسخة مجاناً.

الاسم

رقم الهاتف

البريد الإلكتروني

الغرض من الطلب (اختياري)

إرسال الطلب