التشخيص الجزيئي والتحليل الجينومي الكامل لبكتيريا Curtobacterium flaccumfaciens المصاحبة لمرض الذبول البكتيري في أشجار الزيتون

الباحث

شيماء ياسين طه محمود الحمداني

المشرف

غزوان قاسم حسن

الجامعة

جامعة الموصل

الكلية / القسم

كلية التربية للعلوم الصرفة / قسم علوم الحياة

الشهادة

ماجستير

السنة

2024

لغة الرسالة

عربي

الكلمات المفتاحية

التشخيص الجزيئي ; التحليل الجينومي ; الذبول البكتيري ; أشجار الزيتون

جمعت (100) من عقد أشجار الزيتون المصابة بمرض الذبول الاوراق من مناطق مختلفة من مدينة الموصل ( حي العربي ٠ قرية الفاضلية ، ناحية بعشيقة ، جامعة الموصل ) للفترة من 1/6/2023 ولغاية 1/8/2023، نقلت العينات في زجاجات معقمة إلى مختبرات قسم علوم الحياة لعزل وتشخيص الأنواع البكتيرية بالأعتماد على الفحص المجهري والاختبارات الكيموحيوية والتشخيص الجزيئي. ظهرت سلالات بكنزيا C. flaccumfaciens النامية على وسط الاكار المغذي بشكل عصيات قصيرة صفراء الى برتقالية اللون. فيما يخص الاختبارات الكيموحيوية كانت السلالات موجبة لصبغة كرام، مستعمرات متحركة ، سالبة الاوكسديزء موجبة الكتاليز. كما تم إجراء اختبار الحساسية البكتيرية للمضاادات الحيوية بطريقة الانتشار القرصي بإستخدام (9) مجاميع مختلفة من أقراص المضادات الحيوية .وأظهرد ت النتائج ان العزلات ( 5110115 ,5110114 ,5110113 (SHGH1, SHGH2, كانت حساسة للمضادات الحيوية ) Amikacin, Chloramphenicol, Gentamicin, ،(Ciprofloxacin, Meropenem, Trimethoprim Nitrofurantoin ومقاومة للمضادين Cefixime و -Cefotaxime تم تشخيص 17 عزلة جزيئيا لانواع بكتيرية مختلفة بالاعتماد على الجين rRNA 165 وبتقنية ال PCR وهي (6 عزلات) تعود لبكتريا Curtobacterium flaccumfaciens, Staphylococcus haemolyticus, Staphylococcushaemolyticus ,Staphylococcuswarneri, Psedomonas koreensis, Psedomonas _ reinekei, Psedomonas putida, Psedomonas sp, Enterobacter hormaechei, Enterobacter cloacae, Micrococcus yunnanensis, Kosakonia sp وكانت نسبة التطابق الورائي ,91% ,99% ,99% ,99% ,99% ,98% ,99% ,99% ,99% ,99% ,97% ,99% 99% ,99% ,99% ,97% ,93%( مع العزلات المسجلة في بنك الجينات كالأتي : 17 (ON209684, 111484165, KP898898, KR906476, CP041259, OP102635, MT622589,MH325270,MN410649,MH542248, MK883125, MK823239, MT124571, ORO16663, MK999978, MN733227,0U957238) على التوالي obs)! بكتيريا C. flaccumfaciens SHGH خلال Gil كوخ بمرض الذبول البكتيري في أشجار الزيتون europaea .0 الموجودة في الموصل/ العراق. تم تحليل تسلسل الجينوم الكامل لبكتريا C. flaccumfaciens SHGH وتحميله في بنك الجينات GenBank تحت رقم الانضمام JAUMSNO000000000.1 يتكون الكروموسوم الدائري من 3,834,306 قاعدة نيوكليوتيدية، 5 70.7% من محتوى GC و4,176 تسلسلا لترميز البروتين، و53 جيناً من الحمض النووي الرايبي (RNA) و7 جينات من الحمض النووي الرايبي الريبوسومي (TRNA) ، و42 جيناً من الحمض النووي الرايبي الناقل .(CRNA) استناداً إلى تقنية تهجين DNA- DNA سيليكاء هناك 11 سلالة مرتبطة this!) وثيقًا بسلالة .SHGH أظهر تحليل تسلسل جين rRNA 165 أن سلالة 511011 لها تشابه بنسبة 100% مع جين flaccumfaciens C .LMG 36645 وتشابه بنسبة 99% مع جين 201260166 Curtobacterium allii مع أكثر من 100 تكرار في اختبار التمهيد Bootstrap test كشف تحليل سلالة 511011 عن وجود العديد من الأنزيمات التي تشفر الجينات المرتبطة بالأمراضية مثل انزيمات pectatelyase, pectatelyser, serine proteinase, glycosyl hydrolase ale transferase على ذلك ، أظهر تحليل تسلسل الجينوم لسلالة lal SHGH تحتوي على أنزيمات beta 1-4 glucanase و beta 1-4 xylenase ، وعدة سلاسل قصيرة glycosidase, peptidase ومناطق تحلل الكلايكو بوليمر المحتملة dominains- glycopolymer- degrading potential والمشتقة من العاثي الاولي.

A (100) olive tree nodes infected with wilt disease collected leaves from different areas of Mosul city (Al-Arabi neighborhood, Al-Fadiliya village, Bashiqa district, University of Mosul) for the period from 1/6/2023 to 1/8/2023, the samples were transferred in sterile bottles to the laboratories of the Department of Life Sciences to isolate and diagnose bacterial species based on microscopic examination, biochemical tests and molecular diagnosis. Strains of C. flaccumfaciens developing on the nutrient acaronia medium appeared as short yellow to orange bacilli. For biochemical tests, strains were Cram-positive, mobile colonies, oxidase negative, catalase-positive. The results showed that the isolates (SHGH1, SHGH2, SHGH3, SHGH4, SHGH5) were sensitive to antibiotics (Amikacin, Chloramphenicol, Gentamicin, Ciprofloxacin, Meropenem, Trimethoprim Nitrofurantoin), and resistant to Cefixime and Cefotaxime. 17 molecular isolates of different bacterial species were diagnosed based on the gene molecular isolates of different bacterial species were diagnosed based on the 16S rRNA gene and PCR technology (6 isolates) belonging to the bacteria Curtobacterium flaccumfaciens, Staphylococcus haemolyticus, Staphylococcushaemolyticus, Staphylococcuswarneri, Psedomonas koreensis, Psedomonas reinekei, Psedomonas putida, Psedomonas sp, Enterobacter hormaechei, Enterobacter cloacae, Micrococcus yunnanensis, Kosakonia sp The genetic match ratio was (99%, 97%, 99%, 99%, 99%, 99%, 99%, 98%, 99%, 99%, 99%, 99%, 99%, 99%, 99%, 99%, 91%, 93%, 97%, 99%, 99%, 99%) with isolates recorded in the genebank as follows:17 (ON209684, MT484165, KP898898, KR906476, CP041259, OP102635 ,MT622589,MH325270, MN410649,MH542248,MK883125, MK823239, MT124571, OR016663, MK999978,MN733227,OU957238,) respectively The bacterium B C.flaccumfaciens SHGH has been associated with through Koch hypotheses with leaf wilt disease in O. europaea (olive trees) . located in the connector, Iraq. The whole genome sequence of bacteria was analyzed. C. flaccumfaciens SHGH1 and uploaded into the Global Genbank under accession number JAUMSN000000000.1. The circular chromosome consists of 3,834,306 nucleotide bases, 70.7% GC content, and 4,176 Protein coding sequences, 53 RNA genes, 7 rRNA genes, and 42 tRNA genes. Based on the DNA silica hybridization technology, there are 11 strains closely related to the SHGH strain. 16S rRNA gene sequencing analysis showed that the SHGH strain had 100% similarity to the C.flaccumfaciens LMG 36645 gene and 99% similarity to the Curtobacterium allii gene 20TX0166 with more than 100 repetitions in the Bootstrap test. SHGH strain analysis revealed the presence of several enzymes that encode pathogen-related genes such as pectatelyase, pectatelyser, serine proteinase, glycosyl hydrolase transferase Furthermore, genome sequencing analysis of the SHGH strain showed that it contains beta 1-4-glucanase and beta 1-4 xylenase enzymes, several short glycosidase, peptidase and potential glycopolymer degradation areas dominains-glycopolymer- degrading potential derived from the protobacterio phage. --- page 124 [OCR+] --- University of Mosul College of Education For Pure Science Molecular Diagnosis and Whole of Curtobacterium flaccumfaciens Bacteria Associated with Bacterial Wilt Disease in from Olea europeae Shaimaa Yaseen Taha Mahmod Al-Hamdany M.Sc. Thesis Biology Supervised By Assistant Professor Dr. Ghazwan Qasim Hasan 2024 A.D. 1446 A.H. [OCR of page] University of Mosul College of Education SL Br For Pure Science eal Molecular Diagnosis and Whole of Curtobacterium flaccumfaciens Bacteria Associated with Bacterial Wilt Disease in from Olea europeae Shaimaa Yaseen Taha Mahmod Al-Hamdany M.Sc. Thesis Biology Supervised By Assistant Professor Dr. Ghazwan Qasim Hasan 2024 A.D. 1446 A.H. --- page 125 [OCR+] --- Molecular Diagnosis and Whole of Curtobacterium flaccumfaciens Bacteria Associated with Bacterial Wilt Disease in from Olea europeae A Thesis Submitted By Shaimaa Yaseen Taha Mahmod Al-Hamdany To The Council of the College of Education For Pure science University of Mosul in Partial Fulfillment of the Requirements for the Degree of M.Sc. In Biology Supervised By Assistant Professor Dr. Ghazwan Qasim Hasan 2024 A.D. 1446 A.H. [OCR of page] Molecular Diagnosis and Whole of Curtobacterium flaccumfaciens Bacteria Associated with Bacterial Wilt Disease in from Olea europeae A Thesis Submitted By Shaimaa Yaseen Taha Mahmod Al-Hamdany To The Council of the College of Education For Pure science University of Mosul in Partial Fulfillment of the Requirements for the Degree of M.Sc. In Biology Supervised By Assistant Professor Dr. Ghazwan Qasim Hasan 2024 A.D. 1446 A.H.

طلب نسخة من الملف

الملفات غير منشورة على الموقع. اترك بياناتك وسيتواصل معك موظفو قسم الشؤون الثقافية والفنون لإرسال النسخة مجاناً.

الاسم

رقم الهاتف

البريد الإلكتروني

الغرض من الطلب (اختياري)

إرسال الطلب