عزل وتشخيص الأنواع التابعة لجنس Escherichia spp. عدا النوع E. coli من مصادر سريرية مختلفة

الباحث

سماء مؤنس سعيد اسحق عزة

المشرف

أوس إبراهيم سليمان

الجامعة

جامعة الموصل

الكلية / القسم

كلية العلوم / قسم علوم الحياة

الشهادة

ماجستير

السنة

2023

لغة الرسالة

انكليزي

الكلمات المفتاحية

Escherichia hermannii ; Annona squamosa ; Antibacterial Activity ; Clinical Isolates

تم جمع 200 Ate بكتيرية من مصادر سريرية من جروح العمليات الحروق والادرار من المرضى القادمين الى مستشفى السلام العام التعليمي، مستشفى الجمهوري العام ومركز الحروق التخصصي في مدينة الموصل للفترة من كانون الأول 2021 الى نيسان 2022. كل العينات جمعت باستخدام وسط 71300001693 الخالي من الاملاح كوسط انتقائي لهذه البكتريا تم جمع 100 عزله تعود لأنواع Escherichia spp. عدا النوع coli .2 وبعدها انجزنا Bac اختبارات بيوكيميائية ومظهريه وحصلنا بعدها على عشر عزلات بكتيرية تعود للجنس Escherichia لغرض تأكيد تشخيصنا المظهري lid بتشخيص هذه العينات باستخدام APT واكدنا التشخيص باستخدام تقنية Les, Vitek2 فقط على اربع عزلات تعود dhs FE. hermanii¢ sl اكدنا التشخيص باستخدام برنامج ABIS واظهرت النتيجة تشخيص بنسبة 96.1, للنوع E. hermanii استخدمنا ERIC-PCR للعزلات as! وحصلنا على أريع حزم )766. 495، 293 و 180 ١95 بالنسبة للعزلة رقم )117( وحزمتين (28 ,173( بالنسبة للعزلة رقم )23( وحزمه واحده )1103( ( للعزلة رقم (98) بينما فشلت في اظهار حزمه للعزلة رقم )21( بالاعتماد على برنامج GelAnalyzer اصدار 19.1 استخدمنا ثلاث جينات (Eh, Yli ,Yp) لغرض تشخيص LAS ode جزيئيا وحصلنا على عزلتين فقط يمتلكون هذا الجين عند bp1401 بعدها أجرينا اختبار تحديد تسلسل تتابع القواعد النيتروجينية واصبح واضح لدينا ان العزلتين واحده تعود للنوع E .hermanii والأخرى للنوع E. fergusonii ولقد تم تسجيل سلالتين محليتين جديدتين لأول مره في بنك الجينات العالمي NCBI وتضمنت السلالتين E. fergusonii و FE. hermanii وتم اعطائهما الأرقام التسلسليه التاليه LC742150 LC 742151 على التوالي هذه الأنواع أظهرت تأثيرات مختلفة تجاه المضادات الحيوية اذ انها قاومت بنسبة 90100 للمضادات Ampicillin-Amp10,Cefixime-Cfm 5,Cefoxitin-Fox 30, Oxytetracyclin-) Lin ) 0 أظهرت مقاومه بنسبه %50 Ciprofloxacin-Cip10 and Cefepime-)Glaeall (fep10 5 44%25 مقاومه للمضادات lain ،(Ceftazidime-Caz30) كانو حساسين بنسبة 0 #لمضادات .(Azithromycin-Azm15,Gentamicin Gen 10,Imipenem-Ipm10) ولقد فشلت هذه الأنواع في امتلاكها لأنزيم carbapenemase استخدمت خلاصه ثمرة Annona اذ أظهرت انها ذات تأثير عالي ضد هذه البكتريا اذ أظهرت فعالية بالتراكيز ,100,50,25 ميكروغرام/ مل ضدها بينما التركيز 12.5 ميكروغرام/ مل لم يظهر أي لقد وجدنا ان المادة rutin )264.11( هي المادة الأساس الفعالة في هذا النبات ضد هذه البكتريا باستخدام تقنية HPLC أظهرت لنا نتائج تحليل دهون الغشاء باستخدام تقنية GC-Mass ان اكثر الدهون كانت (Ricinoleic acid, Glycerin, Dodecadienal,E,E , Chloromethyl 6- chloroundecanoate, Ethyl 5-methylhexanonate , Glycerin ,propane,2-fluoro-2- methyl , p-Dioxane-2,3-diol, N, N-Dimethyl-O-(1-methyl-butyl)-hydroxyl, 1-5- (Ethyl-tetrahydrofuran-2-yl-3,3-dimethyl

Two hundred clinical bacterial samples were collected from surgical wounds, burns and urine specimens from patients who admitted to Al-salam General Teaching Hospital, Al-Jumhouri General Hospital and the Specialized Burn Center in Mosul city -IRAQ, during the period from December, 2021 to April, 2022. Samples were cultured on MacConkey agar free of salt as a selective medium. Only one hundred isolates belong to Escherichia spp were identified based on standards biochemical tests. Several biochemical tests were conducted and it was obtained that only 10 bacterial isolates were suspected to belonging to Escherichia hermanii. To confirm the phenotypic diagnosis, bacterial isolates were diagnosed using API and Vitek 2 compact system. Our results found that only 4 isolates were belonged to Escherichia hermanii. Diagnosis was further confirmed using ABIS software, the result showed 96.1% identity to the species E. hermanii. The genes Eh, Yli, ERIC, Kpc and YP were used to confirm the diagnosis of E. hermanii, two of them failed to amplify a product and only Eh gene showed a band in 1401bp. We performed our identification using molecular technique and two isolates belonging to E. hermanii were obtained. After we conducted the sequence test, it became clear that one of the bacterial isolates was belonged to E. hermanii and the other was belonged to E. fergusonii. Two new strains were submitted and registered for the first time in the NCBI Global Gene Bank and included the two strains E. fergusonii and E. hermanii and the following accession numbers were given LC 7742150 and LC 742151 respectively. Depending on phenotypic and molecular detection, the species showed different antibiotic profiles. The isolates were 100% resistant to the following antibiotics Ampicillin-Amp10, Cefixime-Cfm 5, Cefoxitin-Fox 30, and Oxytetracyclin-T30, while the resistance rate was 50% for Ciprofloxacin-Cip10 and Cefepime-fep10; and 25% of the isolates were resistant for Ceftazidime-Caz30; while 100% of the isolates were sensitive to wards Azithromycin-Azm15, Gentamicin Gen 10, and Imipenem-Ipm10. E. fergusonii and E. hermanii under study were failed to contain carbapenemase enzyme. The Annona fruit extract showed high effectiveness against E. hermanii, Double dilution concentrations (100,50,25,12.5) μg/ml, of Annona fruit extract were prepared then 100μl of each dilute for Annona squamosa was added. The effect of a concentration of 100 was the strongest, followed by concentrations of 50, then 25, and there was no effect obtained whene using the concentration 12.5 μg/ml HPLC result showed that rutin (264.11) ppm was the active substance causing the antibacterial effect. Result from the analysis of membrane lipid using GC-mass technique showed that most of the lipids found were (Ricinoleic.acid:12420143, Glycerin:6814721 ,2 ,4 Dodecadienal, E, E:5915936, Chloromethyl 6-chloroundecanoate:4761461, Ethyl 5-methylhexanonate:3468461, Glycerin:3272473, propane,2-fluoro-2- methyl :3146268, p-Dioxane-2,3-diol:2993346, N, N-Dimethyl-O-(1-methyl- butyl)-hydroxyl:2378662,1-5-Ethyl-tetrahydrofuran-2-yl-3,3- dimethyl:2305938). Using ERIC-PCR approache, we obtained four bands (766, 495, 293 and 180 bp) from isolate number no. 117, two bands (285 and 173 bp.) from isolate no. 23 and one band 1103 bp from isolate no. 98 depending on GelAnalyzer version 19.1 Using the sequence technique, we were able to differentiate between E. fergusonii and E. hermanii.

طلب نسخة من الملف

الملفات غير منشورة على الموقع. اترك بياناتك وسيتواصل معك موظفو قسم الشؤون الثقافية والفنون لإرسال النسخة مجاناً.

الاسم

رقم الهاتف

البريد الإلكتروني

الغرض من الطلب (اختياري)

إرسال الطلب