التوصيف المظهري والجزيئي لبكتريا Cutibacterium acnes المعزولة من حالات حب الشباب في مدينة الموصل

الباحث

سالم احمد محمود محمد صالح الكردوشي

المشرف

غادة عبد الرزاق محمد الطائي

الجامعة

جامعة الموصل

الكلية / القسم

كلية العلوم / قسم علوم الحياة

الشهادة

ماجستير

السنة

2024

لغة الرسالة

انكليزي

الكلمات المفتاحية

Cutibacterium acnes ; Acne Vulgaris ; Molecular Characterization ; Skin Microbiota

Cutibacterium acnes هي من اهم البكتريا المسببة لحب الشباب، وهي من ميكروبات المتعايشة في الجلد والتي تنمو غالبًا في المناطق الغنية بالغدد الدهنية. وقد تم اعتبارها Gauls بكتيريا متعايشة. تم جمع 125 عينة من مرضى حالات حب الشباب الشائع في مدينة الموصلء من استشاريات الأمراض الجلدية في مستشفى السلام التعليمي ومستشفى الموصل calell وتم تحديد البكتيريا من خلال التشخيص الروتيني (المظهري والمجهري)، والتشخيص الجزيئي على أساس Universal 16s rRNA gene تم الحصول على سبع سلالات من Cutibacterium acnes وسلالة واحدة من avidum — Cutibacterium بنسبة (5.6/) و (0.8/) على التوالي من جميع العينات. ، Tetracycline: Vancomycin ،Clindamycin تم اختيار ثمانية مضادات حيوية: Azithromycin Fusidic 210 Levofloxacins Imepinem+Gentamycin لإجراء GI bial الحساسية بالاعتماد على طريقة الأقراص المنتشرة، وأظهرت الدراسة أن السلالات السبع من C, acnes كانت حساسة بنسبة 100/ ضد -Levofloxacins Imepinem في هذه cual yall تم إنشاء شجرة تطورية تعتمد على درجة التقارب بين هذه العزلات المشخصة جزيئيًا ls على برنامج 1 71580.41 وتراوح التقارب من 74 إلى 199 تم دراسة التأثير المثبط لبعض الزيوت الطبيعية (زيت شجرة الشاي وزيت النعناع) والمواد الطبيعية (الكركمين وقشور الموز والمرة) ضد 40765 Cus C. اظهرت النتائج: ان زيت شجرة الشاي بتركيز 90100 كان له التأثير على ثلاث سلالات وزيت النعناع بتركيز )100 و075,؟) كان له التأثير على أربع سلالات وبلغت نسبة حساسية مستخلص المرة %71 بتركيز: 90100 و9675. تم الكشف عن التنميط الحيوي (اعتمادا على تخمر السكريات) والتنميط الجيني (اعتمادا على جينات معينة) لسبع سلالات من acnes .0 وكانت النتائج: تم الحصول على اربعة أنماط حيوية اعتمادا على تخمر السكريات Gus (Ribose, Erythrotol and Sorbitol) كانت سلالة واحدة ضمن النمط الحيوي الاول وسلالتان ضمن النمط الحيوي الثالث وسلالة واحدة ضمن النمط الحيوي الرابع وثلاث سلالات ضمن النمط الحيوي الخامس. تم الحصول على نمطين جينيين اعتمادا على وجود أو غياب ست جينات وهي:( 16s rRNA, ATPase, atpD, Toxic fic family, recA, (and sodA النمط الجيني الأول ينتمي إلى TA? متضمنا سلالة واحدة فقطء والنمط الجيني الثاني هو نمط جديد ظهر لستة سلالات ولم يذكر في البحوث السابقةه حيث يحتوي على جميع الجينات المذكورة سابقا باستثناء جين Toxic fic family وبالتالي من الممكن اقتراح نمط جديد يضاف إلى الأنماط الستة المكتشفة ويسمى117 . تم إجراء تسلسل الجينوم الكامل وكانت سمات الجينوم: الطول الكلي للجينوم (2,468,425) زوج من القواعد النيتروجينية مع محتوى GC بنسبة 7260.1 وإجمالي تسلسلات ترميز البروتين كانت 9 وعدد جينات RNA كانت 48.

125 samples were collected from patients with acne vulgaris cases in Mosul city, from schools and dermatology consultations at Al- Salam Teaching Hospital, and Mosul General Hospital. Samples were taken using a sterile swab from pus in side acne then transferred the samples into sterile thioglycolate broth and incubation period was for 5-7 days in 37o C, after that the culture were transferred to Brucella agar supplemented with vitamin k and sheep blood placed in anaerobic incubation using jar contain gas pack, the incubation period was for 3-5 days in 37o C. The identification of bacteria achieved by phenotype diagnosis (macroscopic and microscopic), and molecularly by detection of universal 16s rRNA gene. Seven strains of Cutibacterium acnes and one strains of Cutibacterium avidum were obtained with (5.6%) and (0.8%) respectively, from all samples. Antibiotic susceptibility test was performed against eight antibiotics (Clindamycin, Vancomycin, Tetracycline, Imepinem, Gentamycin, Levofloxacin, Fusidic acid and Azithromycin) by disc diffusion assay. Results showed that the seven strains of C. acnes are resist to fusidic acid and azithromycin with 85.7% for both and this was the highest resistant percentage, while for tetracycline the resistant percentage was 71.4, clindamycin and gentamycin were having the same resistance percentage 57.1 and vancomycin 42.8%. Lastly the isolates were sensitive 100% to imipenem and levofloxacin100% sensitive to imipenem and levofloxacin. In this study, an evolutionary tree was created depending on the similarity degree of neighbor – for our isolation based on the MEGA11 program. The resemblance was ranging from 74 to 99 %. The inhibitory effect of some plant extract (curcumin, Peels banana and Myrrah) and essential oils (tea tree oil and peppermint oil) was investigated against C. acnes and the results that showed: the tea tree oil with a concentration of 100% was affected on three strains, the peppermint oil with a concentration of (100 and 75%) had affected on four strains, and the sensitivity percentage of myrrh ethanolic extract was reached 71% with the concentration of both 100% and 75%. The synergism achieves by interaction between resist antibiotics with essential oils and natural materials that added separately. The result showed no synergism relationship between these components. The biotypes (depending on sugar fermentation), and genotypes (depending on particular genes) for seven strains of C. acnes were detected and the results were: four biotypes were obtained depending on the fermentation of sugars (Ribose, Erythrotol and Sorbitol), one strain was within the first biotype, two strains were within the third biotype, one strain was within the fourth biotype and three strains were within the fifth biotype. Two genotypes were obtained depending on the presence or absence of six genes which are: 16s rRNA, ATPase, atpD, Toxic fic family, recA, and soda. The first genotype belongs to IA2 included one strain only, and the second genotype is a new pattern which has appeared for six strains and did not mentioned in previous, it contains all the previously mentioned genes except Toxin Fic family gene. Therefore, it is possible to suggest a new pattern to be added to the six discovered patterns and name it IV. The genome sequence of Cutibacterium acnes SAGH17 has been deposited at DDBJ/ENA/GenBank under the accession number JBEFLC000000000 Whole genome sequence was done and the genome features were: total length of genome was (2,468,425) bp with GC content 60.1 % and total at protein- coding sequences were 2419 and the number of RNA gens were 48. Phylogenetic tree following analysis of 12 nucleotide sequences were drawn based on balanced minimum evolution method, Cutibacterium acnes SAGH17 strain was a part of a phylogenetic tree was clustered with other closely related srain of Cutibacterium strains. According to genome features, strains in the phylogenetic tree based on their homology was arranging as following: Cutibacterium acnes DSM 1897, Cutibacterium acnes ATCC 6919, Cutibacterium acnes subsp. Defendens ATCC 11828, Cutibacterium acnes subsp. elongatum JCM 18919, Cutibacterium namnetense CCUG 66358, Cutibacterium modestum JCM 33380T, Cutibacterium porci DSM 101006, Cutibacterium avidum ATCC25577 and Cutibacterium equinum CBA3108T, Cutibacterium granulosum DSM 20700 strain was distant about other Cutibacterium and clustered with Acidipropionibacterium timonense Marseille-P4482 which were used to create a root for the genetic tree of the strains. based on isDDH, GC content, δ- value, Genome size and Number of proteins 11 closely associated type strains to SAGH17 strain has designed and compared with the SAGH17 where Cutibacterium acnes ATCC 6919 strain was the most closely related and Acidipropionibacterium timonense Marseille-P4482 strain was the most distant.

طلب نسخة من الملف

الملفات غير منشورة على الموقع. اترك بياناتك وسيتواصل معك موظفو قسم الشؤون الثقافية والفنون لإرسال النسخة مجاناً.

الاسم

رقم الهاتف

البريد الإلكتروني

الغرض من الطلب (اختياري)

إرسال الطلب