تطبيقات الإرساء الجزيئي في اختبار كفاءة بعض المستخلصات النباتية ضد خميرة المبيضات البيضاء C. albicans
Molecular Docking Application in Testing the Efficiency of Some Plant Extracts against Some Pathogenic Microorganisms in Different Environments
- الباحث
- أبو بكر عبدالرحيم ذنون الغزال
- المشرف
- محمد إبراهيم خليل
- الجامعة
- جامعة الموصل
- الكلية / القسم
- كلية العلوم البيئية / علوم البيئة
- الشهادة
- ماجستير
- السنة
- 2024
- لغة الرسالة
- عربي
- الكلمات المفتاحية
- الإرساء الجزيئي ; المستخلصات النباتية ; المبيضات البيضاء ; المضادات الفطرية
الملخص
استعملت تقنية الارساء الجزيئي للتوصل إلى مادة فعالة تستخدم كمضاد للفطر (Candida albicans) من العديد من الأنواع النباتية حيثء اختبرت هذه المواد الفعالة افتراضياً (In silico) لمعرفة فعاليتها في تثبيط البروتين المسؤول عن تصنيع الدهون التي تدخل في تركيب الغشاء الخلوي للفطر. تم استخدام عدة برامج حاسوبية منها ) (PYMOL للعرض وصف المركبات الكيميائية 5 (PYRX) لأجراء عملية الارساء الجزيئي وبعض البرامج الأخرى لمعالجة الليغاندات مثل -Open babel ,Avogadro تم اختيار البروتين الهدف وهو إنزيم cytochrome P450 monooxygenase) ( cyp51) ( كونه من البروتينات الأساسية في نمو وتطور COL bill حيث يدخل في تصنيع الغشاء الخلوي للفطر. وفضلاً عن إلى ذلك تم اختيار البروتين من ضمن مجموعة من البروتينات على أساس ضوابط خاصة للإرساء الجزيئي منها وضوح البروتين وخلوه من الطفرات وعوامل أخرى. تم ترتيب المواد حسب ألفة الآصرة من )8.8-11.9( وتُعَدَ هذه النسبة مرتفعة بالنسبة إلى المركبات الطبيعية والتي تمثل أعلى قيم تم الحصول عليها بواسطة الارساء cipal ومن ثم تم التأكد من عدم سمية هذه المواد وكذلك خواصها الأخرى مثل درجة الامتصاص في الجهاز الهضمي وعبورها الحاجز الدموي الدماغي وقابلية امتصاصها السطحية من الجلد وسهولة تصنيعها وعوامل أخرى مهمة. تم التوصل إلى ثلاث مواد فعالة قادرة على تثبيط الفطر بناء على نتائج الارساء الجزيئي وهي Gus (Astragalin, Apiin, Epicatechin) أظهرد ت هذه المواد خواص تثبيطية لبروتين (51م07). أجري استخلاص المواد الفعالة بناء على نتائج الارساء الجزيئي واستخدمت المستخلصات الخام في تثبيط الفطر حيث وضعت أقراص مشبعة بالمواد الفعالة على الأطباق الفطرية. أظهر مستخلص حبة CD) السوداء شم مستخلص الزعرور الأوربي يليه مستخلص الكمون خواص تثبيطية جيدة ويأقطار )1.073، 0.885، 0.834( سنتمتر على التوالي. تم تشخيص المواد الفعالة في المستخلص الخام وتحديد مكونات المستخلص الخام باستخدام تقنية الكروماتوغرافيا السائلة عالية الأداء HPLC ومن ضمنها المواد التي تم اختيارها بالاستناد على نتائج الارساء الجزيئي. حيث عزلت المواد الفعالة (Astragalin, Apiin, Epicatechin) وتمت تنقيتها وتركيزها للحصول على مستخلص عالي النقاوة لغرض استخدامه كمثبط فطري. أظهرت المواد الفعالة فعالية تثبيطية، Gus أظهر Astragalin أفضل تثبيط يليه Apiin بقطر تثبيط قطره ) 1.348,1.648( على التوالي في حين لم تظهر مادة epicatechin أي تثبيط للفطر.
Abstract
A Molecular docking was using to find to active compounds them to use it as antifungal "candido albicans", which they collected from many parts of plants and then test them in silico to find out their ability to inhibition the fungal cell wall protein which is responsible for fat forming. Many software was used such as PYMOL to recognize the chemical structure and active compounds and the software PYRX to as assimilation the Molecular docking and other software to treat the ligands such as Avogadro and open babel. The CYP5l enzyme was chosen as a target for molecular docking due to its role in fugal grow the and development. The compounds were arranged according to their affinity bond from (11.9 - 9) and this ratio consider high in relation to natural compound which consider the highest values obtain by molecular docking. and then the toxicity of compounds was tested ensure that they are safe to body and other properties such as absorption in digestive and crossing the brain blood tissue and their ability to adsorb by skin and easy to build it and other factors. three Active compounds were selected according to Molecular docking results "Astragalin, Apiin, Epicatechin)" The crude Active compound which detected by Molecular docking were extracted and used as antifungal Agent using absorbed disk by crud active compound. The black seed showed the highest inhibition than cumin (1.073, 0.885, 0.84) cm respectively but Crataegus rhipidophylla never showed any inhibition. The active compounds were identification from crud extraction by high performance liquid chromatography (HPLC) and exam their activity as pure compound in inhibition of growth of candida albicans. The compound was Apiin, Astragalin⋅ where is the epicatechin not showed any activity in inhibition.
طلب نسخة من الملف
الملفات غير منشورة على الموقع. اترك بياناتك وسيتواصل معك موظفو قسم الشؤون الثقافية والفنون لإرسال النسخة مجاناً.